Rund 1000 Meter Flußaufwärts des Stadtzentrums im Ortsteil Kues befindet sich der größte Wasserhafen der Mittelmosel, zugleich Heimathafen zahlreicher Passagierschiffe. Bernkastel-Kues ist beliebter Haltepunkt von Rhein-Mosel-Flusskreuzfahrten.
Entlang des Moselgestades liegen außerdem zahlreiche Schiffsanleger. Dort starten mehrmals täglich Rundfahrten mit Moselschleusendurchfahrt nach Traben-Trarbach, wöchentlich auch nach Trittenheim und Trier.